Stefan Zimmermann stand schon als Kind auf der Bühne und arbeitet seit über vier Jahrzehnten als Schauspieler und Regisseur an den unterschiedlichsten Bühnen sowie für Film und Fernsehen. Nach seiner Schauspielausbildung war er von 1981 bis 1985 am Stadttheater Aachen engagiert. Seit 1986 arbeitete er außerdem als Regieassistent, unter anderem für Fritz Muliar, George Tabori, Ingmar Bergman und August Everding sowie an den Münchner Kammerspielen. 1986/87 war er als Schauspieler am Residenztheater München engagiert und wirkte seither in zahlreichen Film- und Fernsehproduktionen mit.

Seit 1989 inszeniert Stefan Zimmermann regelmäßig und entwickelt erfolgreiche Bühnenbearbeitungen. Seine Adaptionen von Deutschstunde nach Siegfried Lenz und Mein Blind Date mit dem Leben wurden jeweils mit dem INTHEGA-Preis ausgezeichnet. Die Uraufführung seiner Bühnenbearbeitung von Monsieur Claude und seine Töchter fand 2016 am Theater in der Josefstadt Wien statt, es folgten unter anderem M. Claude 2 am St. Pauli Theater Hamburg sowie das Buch zum Musical Siddhartha.

Inszenierungen wie Ein seltsames Paar (mit Heiner Lauterbach und Uwe Ochsenknecht) und seine vielfach gespielten Loriot-Adaptionen wurden in Berlin, Hamburg, Frankfurt, Stuttgart und München gezeigt, auf Tournee war zuletzt die Erfolgskomödie Zwei Männer ganz nackt ein großer Publikumserfolg, wie auch die Inszenierungen zahlreicher Schauspiele (Nathan der Weise, Paulette, Volpone) oder Musicals (Lazarus, Drei Nüsse für Aschenbrödel, Krabat, Die Schneekönigin).

2019 wurde sein erstes eigenes Theaterstück Mr. President First uraufgeführt, 2026 folgte Geld.Gier.Macht.

Seit 2002 leitet Stefan Zimmermann gemeinsam mit Iris von Zastrow das a.gon Theater, seit 2021 auch das Hoftheater München als eigene feste Spielstätte.